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SmallRNA

Small RNA(sRNA)是一大類調(diào)控分子,幾乎存在于所有的生物體中。Small RNA包括:miRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等,其中目前研究較多的為miRNA;Small RNA測序可針對樣本中的miRNA、siRNA、piRNA展開綜合分析,既能鑒定已知sRNA、也能預(yù)測新的sRNA并預(yù)測sRNA的靶基因,為研究small RNA功能及調(diào)控機制提供有力手段。

技術(shù)優(yōu)勢

 · 周期短,通量高,性價比高;

 · 可在全基因組水平快速鑒定和預(yù)測各種類型的SmallRNA,得到與調(diào)控相關(guān)的所有基因;

 · 可以對已知和未知的small RNA進行系統(tǒng)分類注釋,進而通過堿基編輯分析、表達水平分析以及靶基因預(yù)測,綜合挖掘small RNA的調(diào)控功能。

服務(wù)流程

樣本要求

樣本類型

樣本要求

保存及運輸條件

說明內(nèi)容

新鮮組織

新鮮組織標(biāo)本(腫瘤樣本在術(shù)后30分鐘內(nèi)取得)≥50 mg(黃豆粒大?。┛刹捎靡韵路椒ǎ?/span>

1.RNAlater:尤其適用于腫瘤組織,離體后于冰上快速切成小塊,組織塊直徑最好介于1-5 mm(小米至綠豆大?。?,浸泡在5倍體積的RNAlater中,充分浸潤(最好4℃過夜,以保證浸潤效果),-80℃保存;如果是腫瘤樣本,應(yīng)盡可能準(zhǔn)確地判定腫瘤組織和正常組織。

2.TRIzol:在冰上快速分成小塊,組織塊直徑最好不大于5 mm(綠豆大?。┙萦赥RIzol中,凍存管或者離心管封口膜封好后送樣。

3.液氮:離體后液氮速凍充分,預(yù)冷凍存管,將組織轉(zhuǎn)移至凍存管中,液氮可長期保存。

干冰運輸

建議樣本備份1-2份,收樣后立即提取。

細(xì)胞

提取mRNA需細(xì)胞數(shù)量>5×106個,lncRNA需>1×107個。

1.懸浮細(xì)胞收集用PBS緩沖液快速洗一次,每5×106個細(xì)胞加入1 mL TRIzol,用移液器吹散,溶液呈清亮不粘稠狀;-80℃保存不超過1個月;

2.貼壁細(xì)胞需將培養(yǎng)基盡量吸棄;按每10 cm2培養(yǎng)面積(相當(dāng)于六孔板一個孔或35 mm直徑培養(yǎng)皿)加1 mL TRIzol;移液器反復(fù)吹打,使TRIzol完全接觸長有細(xì)胞的培養(yǎng)瓶表面,充分消化;轉(zhuǎn)移到RNase-free的離心管中,用一次性注射器反復(fù)吹打細(xì)胞直至看不見成團的細(xì)胞塊,整個溶液呈清亮不粘稠狀,-80℃保存。

干冰運輸

建議樣本備份1-2份,收樣后立即提取。

外周血(RNA

1.TRIzol:15 mL管中加入6 mL TRIzol和2 mL新鮮血液(TRIzol:血液=3:1),移液器吹打以幫助裂解樣品中的細(xì)胞;樣品劇烈震蕩混勻1-2 min,直到絮狀物全部溶解;室溫孵育5 min使核蛋白體完全分解;封口膜封存,-80℃凍存。

注意:冰凍血液溶解過程中會有破碎的細(xì)胞釋放RNA酶,因此建議在冰凍前加入TRIzol,切勿直接凍存新鮮血液,保存好的血液應(yīng)避免反復(fù)凍融。離心得到白細(xì)胞或有核細(xì)胞,可加TRIzol,-80℃保存,干冰運輸。

2.BD PAXgene Blood RNA Tube:人類血液樣本推薦使用,采集量為2 mL左右,18-25℃可保存3天,2-8℃可保存5天,-20℃或-70℃至少可穩(wěn)定50個月。

3.使用RNAlock血液RNA穩(wěn)定劑保存,新鮮抗凝血液:血液RNA穩(wěn)定劑=1:3,蓋上管蓋,上下顛倒混勻8-10次。室溫放置2h以上后低溫保存;含有血液RNA穩(wěn)定劑的人血液樣品可在2-8℃保存5天,或在-20℃條件下至少保存三個月;含有血液RNA穩(wěn)定劑的哺乳動物血液樣品可在15-25℃保存2天,2-8℃保存7天,或在-20℃條件下至少保存六個月。

TRIzol保存法需干冰運輸;BD PAXgene Blood RNA Tube保存法可使用足量冰袋,用泡沫箱運輸。

 

Total

RNA

總RNA溶解于DEPC水或者RNase-free的緩沖液中??偭?ge;2 μg;純度OD260/280≥2.0;完整性RIN≥8.0;濃度≥100 ng/μL。

使用1.5 mL或2 mL離心管盛放,用parafilm封口膜密封,然后將樣本管置于保護用的50 mL離心管或其他類似容器里,并旋緊蓋子。使用足量冰袋,用泡沫箱運輸。

sRNA測序使用總RNA為起始材料,無需從總RNA中分離純化sRNA。如果客戶提供分離純化的sRNA作為sRNA測序的起始材料,請?zhí)貏e指明。

 

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